AMD, 씨마이크로 서버로 최첨단 생물분자 연구에 고성능 컴퓨팅 제공

슈퍼컴퓨터급 AMD 씨마이크로 서버, 유전자 연구에 필요한 고성능 컴퓨팅을 효율적인 비용으로 제공- - 세계 최초로 인체의 리보솜을 3D로 구조화 -
대한민국, 서울 2013-06-13

AMD는 독일 뭔헨 대학(LMU:뮌헨 루트비히 막시밀리안 대학교) 유전자 센터가 AMD의 씨마이크로(SeaMicro) 서버를 이용해 혁신적인 발견을 이루는 등 연구 능력을 가속화하고 있다고 오늘 발표했다.

AMD의 씨마이크로 서버는 연구진이 80만 개 이상의 이미지를 조합해 세계 최초로 인체의 리보솜 이미지를 생성하는데 활용됐다. 해당 연구는 인체의 리보솜에는 무해한 박테리아 리보솜 파괴 방식 연구의 일환으로, 개개인의 유전자 특성에 맞춘 항생제 신약 개발을 지원하게 된다.

뭔헨 대학 유전자 센터는 독일 뮌헨에 위치한 세계적인 생명 과학 연구 센터다. 이곳에서 실행되는 연구들은 집약적인 컴퓨팅 성능이 필요한 작업들로, 기존에는 맞춤형 설계가 필요한 고가의 고성능 컴퓨팅(HPC: high-performance computing) 클러스터만이 이를 지원할수 있었다. AMD의 씨마이크로 서버는 초당 1.28 테라비트의 대역폭을 제공해 고성능 컴퓨팅 작업을 고가의 외장 인피니밴드(InfiniBand) 인터커넥션이나 10 GbE 네트워킹 없이도 제공한다.

로날드 베크만(Ronald Beckmann) LMU 유전자 센터 교수는 “고성능 컴퓨팅은 LMU 유전자 센터의 최첨단 연구와 혁신적인 발견에 절대적인 역할을 한다”며 “AMD의 씨마이크로 서버는 업계에서 가장 작은 폼 팩터로 슈퍼컴퓨터 같은 성능을 제공한다. AMD 씨마이크로 서버는 진정한 미니 슈퍼컴퓨터이며, 구조 생화학 분야의 분석을 지원해 혁신적인 연구를 가능케 한다”고 설명했다.

AMD의 씨마이크로 서버는 높은 폼팩터를 갖추었으며, 관리 인터페이스가 간소해 배치가 간단하고 용이하다. 설비나 쿨링을 위해 맞춤형으로 증축되는 HPC 클러스터나 슈퍼컴퓨터와는 달리, 유전자 센터의 일반 서버실에서 사용이 가능하다.  AMD 씨마이크로 서버는 소형 10 랙 유닛 섀시(17.5 인치, 44.5 센티미터)로 본질적으로 미니 슈퍼컴퓨터와 동일하다.

뮌헨 대학 유전자 센터는 비용 효율적이며 전력 효율성, 통합 및 슈퍼컴퓨터 성능을 모두 갖춘 AMD 씨마이크로 서버를 선정했으며, 128개의 서버와 512개의 연산 코어로 이루어진 시스템을 단 한 사람이 이틀 만에 배치했다. 해당 서버 배치 사례는 완벽한 구동을 통해 유전자 센터의 단백질 상동 연구 등 생물정보학 서비스를 향상시켜 밝혀지지 않은 단백질을 해석하는데 일조하고 있으며, AMD 사례 연구에서도 다뤄진바 있다.

디라지 말릭(Dhiraj Mallick) AMD 데이터 센터 서버 솔루션 부사장 및 총괄 책임자는 “유전자 연구 분야에서는 전통적으로 시스템의 비용 때문에 컴퓨팅이 제약이 되는 경우가 많았다. AMD는 이러한 제약을 뛰어넘어, 고성능 컴퓨팅을 보다 널리 사용할 수 있게 하고 있다”며 “분자 수준에서 생명체가 작동하는 방법의 비밀을 풀 수 있기에 AMD 서버가 유전자 센터 연구에 기여하는 바는 엄청나다”고 말했다.

유전자 센터에서의 혁신적인 연구는 보다 안전하고 효과적인 의약품 개발에 기여한다. 현재 박테리아 리보솜을 파괴하는 신약은 소아에게는 처방 불가한 제품도 있으나 유전자 센터의 연구를 통해 이러한 약들의 사용 대상을 확대시킬 수 있으며, 3D 이미지를 통해 단백질 형성에 대한 이해도가 높아지면 궁극적으로 효력 있는 신약 개발 또한 가능해진다.

AMD의 씨마이크로 SM15000 시스템은 시중 제품 중 최고의 집적도와 최상의 에너지 효율성을 가진 서버다. 10 랙 유닛으로, 512개의 연산 코어, 160 기가비트의 I/O 네트워킹, 그리고 5개 이상의 페타바이트 저장능력을 1.28 테라비트 프리덤 패브릭과 연결한다. 이 SM15000 서버는 보다 효율적이고 단순한 작동 환경을 위해 톱오브랙(top-of-rack) 스위치, 터미널 서버, 수백 개의 케이블 등 수천 개의 불필요한 구성 성분을 제거한다.

AMD의 씨마이크로 서버 제품군은 현재 차세대 AMD 옵테론(Opteron)프로세서인 파일드라이버 프로세서뿐만 아니라 인텔 제온(Xeon®) E3-1260L인 “샌드브릿지(Sandy Bridge)”, E3-1265Lv2인 “아이브릿지(Ivy Bridge”), 아톰(Atom)N570 프로세서를 지원한다. 씨마이크로 SM15000는 또한 프리덤 패브릭 스토리지 제품을 지원, 하나의 시스템이 2개의 랙에서 5페타바이트 이상의 저장 능력을 실현할 수 있다. 이러한 접근법을 통해, 효율적인 비용과 간단한 직접부착장치로도 NAS(network-attached storage)와 SAN(storage-area networking)과 같은 고가의 솔루션의 장점을 제공할 수 있게 된다.

AMD 대표단은 6월 17일 부터 19일까지 독일 라이프치히에서 개최될 국제 수퍼컴퓨팅 컨퍼런스13 (ISC ‘13)에 참가해 메그웨어(Megware) 부스 #644에서 씨마이크로 시스템에 대한 자세한 설명을 제공할 예정이다.

AMD에 대하여

AMD (NYSE: AMD)는 다양한 컴퓨팅 기기에서 사용되는 혁신적인 AMD APU를 통해 디지털 경험의 새로운 시대를 선도하고 있는 반도체 디자인 혁신 기업이다. AMD의 서버 컴퓨팅 제품은 업계 선도적인 클라우드 컴퓨팅과 가상화 환경을 제공하는데 중점을 두고 있으며, AMD의 뛰어난 그래픽 기술은 게임 콘솔, PC 및 수퍼컴퓨터까지 다양한 솔루션에 제공되고 있다. 자세한 사항은 www.amd.co.kr 에서 확인할 수 있다.

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