Fondo de HPC de AMD contra el COVID-19: Promovemos la investigación en materia de salud a nivel mundial

“Los recursos computacionales proporcionados por AMD apoyarán el trabajo de Christopher Langmead y Min Xu, integrantes del Departamento de Biología Computacional de la Universidad Carnegie Mellon”, comentó Russell Schwartz, director del Departamento de Biología Computacional de la Universidad Carnegie Mellon. “Langmead modelará el panorama evolutivo de las proteínas del coronavirus, lo que permitirá una posible vacuna diseñada para la protección contra el virus SARS-CoV-2, que causa el COVID-19, y también contra otras especies de coronavirus. Mientras tanto, Xu utilizará una técnica de inteligencia artificial desarrollada por él para automatizar el análisis a gran escala de imágenes del SARS-CoV-2 producidas a través de Cryo-ET, una herramienta de visualización en 3D para estudiar las estructuras subcelulares y el proceso de infección del virus en las células huésped”.

- Russell Schwartz, director del Departamento de Biología Computacional de la Universidad Carnegie Mellon

“CSIR agradece la decisión de AMD de donar un sistema de superprocesamiento dedicado a la investigación del COVID-19 en la India que estará alojado y administrado en el CSIR Fourth Paradigm Institute de Bengaluru. Esta donación aumentará nuestra capacidad como la organización líder en I+D del país para ofrecer instalaciones computacionales de alto rendimiento y de primera categoría a la comunidad de investigadores”.

- Dr Shekhar Mande, director general, CSIR

- “La instalación centralizada de HPC ofrecerá acceso computacional seguro a los investigadores y académicos que trabajan para abordar los desafíos relacionados con el COVID-19. Esto acelerará el trabajo que realizan los científicos en la India en diversas disciplinas, como las ciencias biológicas para el descubrimiento de vacunas, las ciencias químicas para el análisis de fármacos y la ingeniería para proporcionar soluciones efectivas con plazos limitados”.

- Dr Vidyadhar Mudkavi, director, CSIR-4PI

“El COVID-19 produce un impacto sustancial en las actividades de investigación de nuestros usuarios y de nosotros mismos”, explicó Bastian Koller, director general de HLRS. “Como centro nacional de supercomputación, hemos estado a la vanguardia en la lucha contra el COVID-19, de modo que ofrecemos nuestros recursos a los investigadores no solo de Alemania, sino de toda Europa. La generosa donación de la tecnología AMD Radeon Instinct ayudará a HLRS a acelerar las simulaciones destinadas a combatir el COVID-19. Estamos seguros de que serán muchos los proyectos que se beneficiarán sustancialmente de estos recursos adicionales. Actualmente, investigadores de la Universidad Miguel Hernández de Elche, España, utilizan nuestro sistema HPE Apollo con la tecnología de la CPU AMD EPYC, Hawk, a fin de realizar simulaciones de dinámica molecular diseñadas para la identificación de inhibidores potenciales de una proteína clave del SARS-CoV-2. Otro equipo de investigación de la Universidad de Recursos Naturales y Ciencias de la Vida de Viena, Austria, está modelando las interacciones entre la proteína de la espícula viral y el receptor ACE2 de los seres humanos. En última instancia, ambos proyectos están trabajando para identificar un compuesto farmacológico eficaz lo antes posible. Más allá de estos esfuerzos, estamos trabajando con científicos del Gobierno que utilizarán la donación de AMD para llevar a cabo simulaciones epidemiológicas que ayuden a comprender mejor la propagación de la enfermedad y a tratar de evitar una segunda ola en Alemania.

- Bastian Koller, gerente general de HLRS

“El enfoque clave del Leibniz Supercomputing Center (LRZ) es apoyar a investigadores de primera categoría de diversos campos con tecnología de TI avanzada. Esta generosa donación de AMD nos da la posibilidad de ofrecerles a nuestros socios del campo de la medicina personalizada soluciones innovadoras de inteligencia artificial. Si bien esto les permite abordar las necesidades de investigación inmediatas en torno al COVID-19 de maneras mucho mejores (por ejemplo, trabajando para mejorar la calidad y la velocidad del diagnóstico), estamos implementando nuestra visión para integrar aún más la HPC y la inteligencia artificial para su uso en la medicina personalizada. Esto permitirá que nuestros socios establezcan mejoras de alto impacto y a largo plazo en el tratamiento de pacientes que padecen enfermedades pulmonares”, manifiesta el Prof. Dr. Dieter Kranzlmüller, director del Leibniz Supercomputing Centre de la Academia Bávara de Ciencias y Humanidades.

- Prof. Dr. Dieter Kranzlmüller, director del Leibniz Supercomputing Centre de la Academia Bávara de Ciencias y Humanidades

“El Centro de Genómica y Bioinformática de la Universidad Estatal de Oregón ha trabajado con el hardware de AMD por muchos años. Los servidores donados a través del Fondo de HPC contra el COVID-19 respaldaron el trabajo de la Iniciativa Monarch (Monarch Initiative) con gráficos de conocimiento y el programa TRACE del estado de Oregón, que controla las variantes del SARS-CoV-2 en nuestro estado”.

- Chris Sullivan, subdirector de Bioinformática en el Centro de Genómica y Bioinformática del estado de Oregón

“Estamos muy agradecidos por la donación de servidores de alto rendimiento de AMD. La diversa evolución de la epidemia del COVID-19 en diferentes partes del mundo plantea numerosas preguntas apremiantes y relacionadas con cada lugar y sus políticas. Una potencia computacional como la que proporciona AMD permite que nuestro equipo intente responder esa pregunta de manera más rápida, más profunda y para más lugares”.

- Dr. Jereremy Goldhaber-Fiebert

“El generoso aporte de AMD respaldará nuestros requisitos de procesamiento intensivos asociados con el mapeo, la mitigación y la detección de enfermedades, incluido el COVID-19. Nuestro equipo también participa en la identificación y resolución de la desigualdad en materia de salud para el estado de Texas, y los cálculos asociados saturan nuestra potencia informática disponible”, afirma el Dr. Larry Fulton, profesor asociado de la Facultad de Administración de la Salud de la Universidad Estatal de Texas. “AMD proporciona una de las soluciones a nuestro problema de grandes conjuntos de datos, es decir, los datos que ponen a prueba nuestras capacidades existentes. Algunos de los métodos que AMD respalda con su aporte abarcan el aprendizaje automático (incluida la visión profunda), los sistemas de información geográfica, la optimización compleja (por ejemplo, entero mixto no lineal) y el modelado de simulación avanzado. La compatibilidad computacional proporcionada por AMD ya nos ayudó a planificar nuestros próximos pasos de análisis para el COVID-19, otras enfermedades infecciosas y el cáncer”.

- Dr. Larry Fulton,  profesor asociado de la Facultad de Administración de la Salud de la Universidad Estatal de Texas

“Nuestro equipo utilizará los recursos asignados para realizar simulaciones mejoradas de dinámica molecular para estudiar el proceso de activación, no solo del COVID-19, sino también de otros coronavirus relacionados con el SARS. AMD está ayudando exponencialmente, ya que proporciona los recursos computacionales necesarios para explorar la activación de la proteína de la espícula del coronavirus que ocurre antes de la primera interacción entre el coronavirus y la célula humana”, señaló Mahmoud Moradi, profesor asistente del Departamento de Química y Bioquímica de la Universidad de Arkansas. “La nueva capacidad de procesamiento nos permite simular los movimientos y las interacciones de cientos de miles de átomos, para miles de millones de marcos de simulación. La investigación de este paso menos conocido en la enfermedad podría llevarnos a aplicar un enfoque alternativo para diseñar medicamentos y vacunas contra el COVID-19”.

- Mahmoud Moradi, profesor asistente del Departamento de Química y Bioquímica de la Universidad de Arkansas

“Los investigadores de la Universidad de British Columbia están trabajando en una gama significativa de proyectos en respuesta al COVID-19, muchos de los cuales requieren acceso a computación de alto rendimiento. Los desafíos de salud inmediatos se abordan a través de actividades como el modelado de enfermedades para predecir cambios en el SARS-CoV-2 y el descubrimiento terapéutico aumentado por inteligencia artificial, mientras que otros investigadores acceden a recursos de HPC para abordar los impactos sociales y económicos a largo plazo de la pandemia”, comenta Steve Cundy, director de Advanced Research Computing de la UBC. “Estamos muy agradecidos por esta donación y el apoyo de AMD, ya que complementará los recursos nacionales e institucionales existentes a fin de ayudar a garantizar un acceso rápido a la capacidad de HPC para los investigadores que realizan contribuciones importantes a la respuesta global al COVID-19”.

- Steve Cundy, director de Advanced Research Computing de la UBC

“La UCLA está agradecida por el generoso aporte de AMD, que tendrá un impacto importante en nuestra investigación" Contamos con numerosos grupos de investigación que trabajan en diversos aspectos del problema generado por el COVID-19, desde estudios epidemiológicos hasta estudios moleculares destinados a desarrollar terapias y vacunas. Muchos de estos estudios se ven limitados por las necesidades informáticas. Esta nueva afluencia de potencia será una oportunidad para que la UCLA y AMD trabajen juntos en la explotación de sus tecnologías de procesador en nuevas áreas de investigación computacional”, manifestó Todd Yeates, profesor de bioquímica y director del Instituto de Genómica y Proteómica de la UCLA-DOE.

- Todd Yeates, profesor de bioquímica y director del Instituto de Genómica y Proteómica de la UCLA-DOE

“El nuevo sistema de HPC que proporciona AMD tendrá un papel clave para ayudarnos a aprender cómo responde nuestro sistema inmunológico al nuevo coronavirus y para encontrar los biomarcadores que permitan predecir qué pacientes desarrollarán una forma grave de la enfermedad. Esta información sería fundamental para el manejo y el tratamiento efectivos de nuevos pacientes, y también aportará a la investigación de medicamentos nuevos o existentes cuyo objetivo sea el tratamiento del COVID-19. La Universidad de Cambridge agradece a AMD por su generoso apoyo en esta importante investigación”.

- Dr. John Marioni, líder de grupo del Instituto Cambridge de Investigación del Cáncer del Reino Unido y del Instituto Europeo de Bioinformática del EMBL.

“Las CPU y GPU AMD permitirán que nuestros investigadores amplíen el alcance de su trabajo sobre el COVID-19 y, al mismo tiempo, los ayudará a acelerar los tiempos de manera significativa. Esto incluye todo, desde la identificación de mutaciones de la proteína de la espícula viral, que podría ayudar a mejorar las vacunas, hasta el uso de tecnología de aprendizaje automático para estudiar la gravedad del COVID en pacientes de todas las edades, desde recién nacidos hasta ancianos”.

- Vicepresidenta interina de la UT para Research Alison R. Preston

“Esta nueva asociación es fundamental para ayudar a la Universidad de Toronto a acelerar la investigación sobre el COVID-19 y desarrollar innovaciones que mitigarán el impacto de la pandemia en las comunidades. La donación de recursos informáticos avanzados permitirá que la Universidad de Toronto y nuestros hospitales afiliados amplíen la infraestructura actual y pongan en marcha SciNet4Health, una plataforma que puede procesar de forma segura grandes conjuntos de datos de información sanitaria privada para impulsar el descubrimiento de terapias, vacunas y mutaciones de enfermedades. Esta donación nos acerca un paso más a la atención sanitaria del futuro”.

- Alex Mihailidis, vicepresidente adjunto de Asociaciones Internacionales

“Los recursos informáticos que proporciona AMD se incorporarán en nuestro proyecto gene@home, actualmente en curso, que tiene como objetivo descubrir las relaciones causales entre la expresión de genes. En particular, planeamos acelerar las consultas específicas sobre los genes que interactúan con el SARS-CoV-2 en colaboración con los investigadores médicos y los estudiantes del Laboratorio de Minería de Datos Biológicos. La iniciativa de AMD es muy oportuna para nosotros y esperamos que también nos impulse a hacer factibles más métodos de análisis”, comenta Enrico Blanzieri, profesor del Departamento de Ingeniería de la Información y Ciencias de la Computación de la Universidad de Trento.

- Enrico Blanzieri, profesor, Departamento de Ingeniería de la Información y Ciencias de la Computación, Universidad de Trento

“El COVID-19 tuvo un impacto tremendo en el enfoque de investigación de nuestra facultad”, afirma Kirk Dombrowski, vicepresidente de investigación de la Universidad de Vermont. “Dado que gran parte de este trabajo en la UVM requiere computación de alto rendimiento, estamos muy agradecidos con AMD por su generoso aporte. Usaremos la potencia informática mejorada en una amplia gama de proyectos importantes. Estos proyectos consisten en analizar la estructura y el comportamiento de la proteína de la espícula del virus SARS-CoV-2; crear simulaciones de dinámica de fluidos a gran escala de las gotículas del COVID-19 cuando viajan por el aire y propagan la enfermedad; realizar análisis en tiempo real de miles de millones de tuits para encontrar correlaciones entre el uso de palabras y los casos confirmados de COVID-19; modelar la interacción entre el comportamiento de distanciamiento social y el uso de EPP para detener la transmisión del virus en los campus universitarios; y analizar la interacción entre la estructura de contacto, las intervenciones y el comportamiento en la dinámica de una pandemia. Los resultados de estos proyectos tienen implicaciones para la política de salud pública y contribuyen al objetivo más amplio de ayudar a prevenir una segunda ola.

- Kirk Dombrowski, vicepresidente de investigación de la Universidad de Vermont

“La potencia informática de AMD será de gran ayuda a medida que los investigadores de la VCU unan la inteligencia artificial y la espectrometría de masas a fin de buscar nuevos tratamientos para enfermedades como el COVID-19”, comentó Joseph T. DiPiro, decano de la Facultad de Farmacia de la Universidad de la Mancomunidad de Virginia. “Estamos agradecidos por el generoso apoyo recibido de AMD para esta investigación pionera en la VCU”.

- Joseph T. DiPiro, decano de la Facultad de Farmacia de la Universidad de la Mancomunidad de Virginia

“Los nuevos servidores que proporcionó AMD nos ayudarán a acelerar algunas de las simulaciones iniciales que realizamos para impulsar proyectos en Folding@home. Quizás, lo más importante es que potenciarán nuestra capacidad para procesar todos los datos provenientes de Folding@home de manera oportuna, lo que mejorará nuestra comprensión del SARS-CoV-2 y revelará oportunidades para combatir el COVID-19”.

- Greg Bowman, profesor asociado de bioquímica y biofísica molecular en la Facultad de Medicina de la Universidad de Washington y director de Folding@home