Fonds AMD COVID-19 HPC : faire progresser la recherche sur la santé mondiale

« Les ressources informatiques fournies par AMD soutiendront le travail de Christopher Langmead et Min Xu, travaillant tous deux au sein du département de biologie computationnelle de l'Université Carnegie Mellon », déclare Russell Schwartz, responsable du département de biologie computationnelle de l'Université Carnegie Mellon. « M. Langmead modélisera le paysage évolutif des protéines de coronavirus, ce qui permettra la création d'un éventuel vaccin conçu pour protéger contre le virus SARS-CoV-2 qui cause la COVID-19 et contre d'autres espèces de coronavirus. Pendant ce temps, M. Xu utilisera une technique d'intelligence artificielle qu'il a développée pour automatiser l'analyse à grande échelle des images du SARS-CoV-2 produites via Cryo-ET, un outil de visualisation 3D permettant d'étudier les structures subcellulaires et le processus d'infection du virus dans les cellules hôtes. »

– Russell Schwartz, responsable du département de biologie computationnelle, Université Carnegie Mellon

« Le CSIR salue la décision d'AMD de faire don d'un système de supercalculateur dédié à la recherche sur la COVID-19 en Inde qui sera hébergé et géré au CSIR Fourth Paradigm Institute à Bengaluru. Ce don augmentera notre capacité, en tant que principale organisation de recherche et développement du pays, à fournir des installations de calcul haute performance de classe mondiale à la communauté de recherche. »

– Dr Shekhar Mande, directeur général, CSIR

– « L'installation HPC centralisée offrira un accès informatique sécurisé aux chercheurs et aux universitaires travaillant à relever les défis liés à la COVID-19. Elle accélérera le travail effectué par les scientifiques en Inde dans diverses disciplines, notamment les sciences biologiques pour la découverte de vaccins, les sciences chimiques pour les tests de médicaments et l'ingénierie pour fournir des solutions efficaces en respectant des délais serrés. »

– Dr Vidyadhar Mudkavi, responsable, CSIR-4PI

« La COVID-19 a un impact substantiel sur nos activités de recherche et sur celles de nos utilisateurs », explique Bastian Koller, directeur général de HLRS. « En tant que centre national de supercalcul, nous avons été à l'avant-garde de la lutte contre la COVID-19 et avons ouvert nos ressources aux chercheurs en Allemagne, mais aussi dans toute l'Europe. Le don généreux de la technologie AMD Radeon Instinct aidera HLRS à accélérer les simulations visant à lutter contre la COVID-19. Nous voyons un certain nombre de projets qui bénéficieront considérablement de ces ressources supplémentaires. Actuellement, des chercheurs de l'Université espagnole Miguel Hernández d'Elche utilisent Hawk, notre système HPE Apollo alimenté par processeur AMD EPYC, pour exécuter des simulations de dynamique moléculaire conçues pour identifier les inhibiteurs potentiels d'une protéine clé du SARS-CoV-2. Une autre équipe de recherche de l'Université des ressources naturelles et des sciences de la vie de Vienne, en Autriche, modélise les interactions entre la protéine Spike du virus et le récepteur ACE2 de l'homme. Ces deux projets ont pour but d'identifier le plus rapidement possible un composé médicamenteux efficace. Au-delà de ces efforts, nous travaillons avec des scientifiques du gouvernement qui utiliseront le don d'AMD pour des simulations épidémiologiques, afin de mieux comprendre la propagation de la maladie et de tenter d'éviter une deuxième vague en Allemagne. »

– Bastian Koller, directeur général, HLRS

« Soutenir des chercheurs de classe mondiale dans de nombreux domaines avec une technologie informatique de pointe est l'objectif principal du Leibniz Supercomputing Center (LRZ). Grâce à ce généreux don d'AMD, nous sommes en mesure de proposer à nos partenaires des solutions d'intelligence artificielle innovantes dans le domaine de la médecine personnalisée. Bien que cela leur permette de répondre aux besoins de recherche immédiats concernant la COVID-19 de bien meilleures manières, par exemple en travaillant sur l'amélioration de la qualité et de la rapidité du diagnostic, nous mettons en œuvre notre vision d'intégrer davantage le HPC et l'IA pour une utilisation dans la médecine personnalisée. Cela permettra à nos partenaires d'apporter des améliorations à fort impact au traitement des patients souffrant de maladies pulmonaires à long terme », déclare le professeur Dieter Kranzlmüller, directeur du Leibniz Supercomputing Center de l'Académie bavaroise des sciences.

– Prof. Dr Dieter Kranzlmüller, directeur du Leibniz Supercomputing Center, Académie bavaroise des sciences

« Le Centre de recherche génomique et bio-informatique de l'Université d'État de l'Oregon travaille avec du matériel AMD depuis de nombreuses années. Les serveurs fournis grâce au Fonds COVID-19 HPC ont permis de prendre en charge les travaux de l'initiative Monarch avec Knowledge Graphs et le programme TRACE de l'État de l'Oregon, qui surveille les variants du SARS-CoV-2 dans notre État. »

– Chris Sullivan, directeur adjoint de la bio-informatique, Centre de recherche génomique et bio-informatique, Université d'État de l'Oregon

« Nous sommes très reconnaissants de recevoir ce don de serveurs hautes performances de la part d'AMD. L'évolution diversifiée des épidémies de COVID-19 dans diverses parties du monde soulève de nombreuses questions urgentes, spécifiques aux lieux et pertinentes pour les politiques. Une puissance de calcul comme celle fournie par AMD permet à notre équipe d'essayer de répondre à ces questions plus rapidement et de manière plus détaillée, pour davantage d'endroits. »

– Dr Jeremy Goldhaber-Fiebert

« Le don extrêmement généreux d'AMD soutiendra nos besoins en calcul intensif associés à la cartographie, à l'atténuation et à la détection des maladies, dont la COVID-19. Notre équipe est également engagée dans l'identification et la résolution des disparités de santé pour l'État du Texas, et les calculs associés saturent notre puissance de calcul disponible », explique le Dr Larry Fulton, professeur agrégé à la School of Health Administration de l'Université d'État du Texas. « AMD fournit l'une des solutions à notre problème de Big Data, c'est-à-dire les données qui surchargent nos capacités existantes. Certaines des méthodes soutenues par AMD grâce à son don incluent l'apprentissage automatique (y compris la vision profonde), les systèmes d'informations géographiques, l'optimisation complexe (par exemple, des nombres entiers mixtes non linéaires) et la modélisation de simulation avancée. La capacité de calcul fournie par AMD nous a déjà aidés à planifier nos prochaines étapes d'analyse pour la COVID-19, d'autres maladies infectieuses et le cancer. »

– Dr Larry Fulton,  professeur agrégé, School of Health Administration, Université d'État du Texas

« Notre équipe utilisera les ressources allouées pour effectuer des simulations améliorées de dynamique moléculaire afin d'étudier le processus d'activation du SARS-CoV-2, mais également celui d'autres coronavirus liés au SARS. AMD aide de manière exponentielle en fournissant les ressources informatiques nécessaires pour explorer l'activation des protéines Spike de coronavirus qui se produit avant la première interaction entre le coronavirus et la cellule humaine », déclare Mahmoud Moradi, professeur adjoint au département de chimie et de biochimie de l'Université de l'Arkansas. « La nouvelle capacité de calcul nous permet de simuler les mouvements et les interactions de centaines de milliers d'atomes, pour des milliards de cadres de simulation. La recherche sur cette étape moins comprise de la maladie pourrait nous conduire à une autre approche pour la conception de médicaments et de vaccins contre la COVID-19. »

– Mahmoud Moradi, professeur assistant, Département de chimie et biochimie, Université de l'Arkansas

« Les chercheurs de l'Université de la Colombie-Britannique sont engagés dans une importante série de projets en réponse à la COVID-19, dont beaucoup nécessitent un accès à l'informatique hautes performances. Les défis sanitaires immédiats sont relevés grâce à des activités telles que la modélisation de la maladie pour prédire les changements du SARS-CoV-2 et la découverte thérapeutique augmentée par l'IA, tandis que d'autres chercheurs accèdent aux ressources HPC pour faire face aux impacts sociaux et économiques à plus long terme de la pandémie », déclare Steve Cundy, directeur du service d'informatique de recherche avancée de l'UBC. « Nous sommes très reconnaissants du soutien d'AMD et de son don, car il complétera les ressources nationales et institutionnelles existantes pour aider à assurer un accès rapide aux capacités HPC pour les chercheurs apportant des contributions importantes à la réponse mondiale à la COVID-19. »

– Steve Cundy, directeur, Service d'informatique de recherche avancée, UBC

« Nous sommes reconnaissants du généreux cadeau offert par AMD, qui aura un impact important sur nos recherches au sein de l'UCLA. Nombre de nos groupes de recherche travaillent sur divers aspects du problème de la COVID-19, de l'épidémiologie aux études moléculaires visant à développer des thérapies et des vaccins. Beaucoup de ces études sont limitées par les besoins informatiques. Ce nouvel afflux de puissance sera l'occasion pour l'UCLA et AMD de travailler ensemble pour exploiter ses technologies de processeur dans de nouveaux domaines de recherche informatique », déclare Todd Yeates, professeur de biochimie et directeur de l'Institut UCLA-DOE pour la génomique et la protéomique

– Todd Yeates, professeur de biochimie et directeur, Institut UCLA-DOE pour la génomique et la protéomique

« Le nouveau système HPC fourni par AMD jouera un rôle clé en nous aidant à découvrir comment notre système immunitaire réagit au nouveau coronavirus et en trouvant les biomarqueurs qui aident à prédire quels patients développeront une maladie grave. Ces informations seront essentielles pour gérer et traiter efficacement les nouveaux patients et informeront également la recherche sur les médicaments nouveaux ou existants qui peuvent cibler la COVID-19. L'Université de Cambridge remercie AMD pour son généreux soutien à cette recherche importante. »

– Dr John Marioni, responsable de groupe, Cancer Research UK Cambridge Institute et European Bioinformatics Institute, EMBL.

« Les CPU et GPU AMD permettront à nos chercheurs d'élargir la portée de leurs travaux sur la COVID-19 tout en les aidant à accroître considérablement leur rapidité. Cela comprend tout, de l'identification des mutations de protéines Spike virales qui pourrait aider à améliorer les vaccins à l'utilisation de la technologie d'apprentissage automatique pour étudier la gravité de la maladie chez les patients de tous âges, des nouveau-nés aux personnes âgées. »

– Alison R. Preston, vice-présidente par intérim de la recherche, Université du Texas

« Ce nouveau partenariat est essentiel pour aider l'Université de Toronto à accélérer la recherche sur la COVID-19 et à développer des innovations qui atténueront l'impact de la pandémie sur les communautés. Le don de ressources informatiques de pointe permettra à l'Université de Toronto et à nos hôpitaux affiliés d'étendre notre infrastructure actuelle et de lancer SciNet4Health, une plateforme qui peut traiter en toute sécurité des ensembles de Big Data d'informations privées sur la santé pour faire progresser la découverte de thérapies, de vaccins et de mutations de maladies. Ce don nous rapproche des soins de santé de demain. »

– Alex Mihailidis, vice-président associé des partenariats internationaux

« Les ressources informatiques fournies par AMD seront insérées dans notre projet gene@home en cours, qui vise à découvrir les relations causales entre l'expression des gènes. Nous prévoyons notamment d'accélérer les enquêtes spécifiques sur les gènes interagissant avec le SARS-CoV-2 en collaboration avec les chercheurs en médecine et les étudiants du laboratoire d'exploration de données biologiques. L'initiative d'AMD est très opportune pour nous et nous nous attendons à ce qu'elle nous aide également à rendre les méthodes d'analyse plus réalisables », explique Enrico Blanzieri, professeur au département de génie de l'information et d'informatique à l'Université de Trente.

– Enrico Blanzieri, professeur, Département de génie de l'information et d'informatique, Université de Trente

« La COVID-19 a eu un impact considérable sur les priorités de recherche de notre faculté », a déclaré Kirk Dombrowski, vice-président de la recherche à l'Université du Vermont. « Étant donné qu'une grande partie de ce travail à l'UVM nécessite une informatique hautes performances, nous sommes très reconnaissants envers AMD pour son don si généreux. Nous utiliserons la puissance de calcul améliorée sur un large éventail de projets importants. Ces projets comprennent l'analyse de la structure et du comportement de la protéine Spike dans le virus SARS-CoV-2, la création de simulations de dynamique des fluides à grande échelle des gouttelettes de COVID-19 lorsqu'elles voyagent dans l'air et propagent la maladie, la mise en œuvre d'une analyse en temps réel de milliards de tweets pour trouver des corrélations entre l'utilisation de mots et les cas confirmés de COVID-19, la modélisation de l'interaction entre le comportement de distanciation sociale et l'utilisation des EPI pour endiguer la transmission du virus sur les campus universitaires, et l'analyse de l'interaction entre la structure des contacts, les interventions et le comportement sur la dynamique pandémique. Les résultats de ces projets ont des implications pour la politique de santé publique et servent l'objectif plus large d'aider à prévenir une deuxième vague. »

– Kirk Dombrowski, vice-président de la recherche, Université du Vermont

« La puissance de calcul d'AMD sera extrêmement utile, car les chercheurs de la VCU réunissent l'IA et la spectrométrie de masse pour rechercher de nouveaux traitements contre des maladies telles que la COVID-19 », déclare Joseph T. DiPiro, doyen de la faculté de pharmacie de la Virginia Commonwealth University. « Nous sommes reconnaissants du soutien généreux d'AMD pour cette recherche révolutionnaire à la VCU. »

– Joseph T. DiPiro, doyen de la faculté de pharmacie, Virginia Commonwealth University

« Les nouveaux serveurs fournis par AMD nous aideront à accélérer certaines des simulations initiales que nous effectuons pour relancer les projets sur Folding@home. Peut-être plus important encore, ils amélioreront notre capacité à traiter rapidement toutes les données provenant de Folding@home, ce qui fera progresser notre compréhension du SARS-CoV-2 et révélera des opportunités de lutte contre la COVID-19. »

– Greg Bowman, professeur agrégé de biochimie et biophysique moléculaire, Washington University School of Medicine, et directeur de Folding@home