AMD COVID-19 HPC 기금: 글로벌 보건 연구 발전

“AMD에 의해 제공된 컴퓨팅 리소스는 Carnegie Mellon University 생물정보학과의 Christopher Langmead 및 Min Xu의 연구를 지원하게 될 것입니다”라고 Carnegie Mellon University 생물정보학과장 Russell Schwartz는 말했습니다. “Langmead는 코로나바이러스 단백질의 진화 형태를 모델링할 것이며, 이는 COVID-19를 유발하는 SARS-CoV-2 바이러스 및 기타 코로나바이러스종으로부터 보호하도록 의도된 백신 개발을 가능케 할 것입니다. 한편, Xu는 호스트 세포의 세포 이하 구조 및 바이러스 감염 절차 연구를 위한 3D 시각화 도구인 Cryo-ET를 통해 생성된 SARS-CoV-2 이미지의 대규모 분석을 자동화하기 위해 그가 개발한 AI 기술을 사용할 것입니다.”

- Russell Schwartz, Carnegie Mellon University 생물정보학과장

“CSIR은 벵갈루루에 자리한 CSIR Fourth Paradigm Institute에서 주관 및 관리하게 될 인도에서의 COVID-19 연구를 위한 슈퍼컴퓨팅 시스템을 기부한다는 AMD의 결정을 환영합니다. 이 기부는 연구 커뮤니티에 세계적 수준의 고성능 컴퓨팅 시설을 제공하기 위한 국내 선두의 R&D 조직인 우리의 능력을 증대시킬 것입니다.”

- Shekhar 박사, CSIR 제너럴 디렉터

 “중앙화된 HPC 시설은 COVID-19 관련 과제를 해결하기 위해 노력하고 있는 연구원 및 학술위원들에게 안전한 컴퓨터 접속을 제공할 것입니다. 이는 백신 발견을 위한 생물학자, 의약품 테스트를 위한 화학자 및 시기 적절하게 효과적인 솔루션을 제공할 엔지니어링 등 인도 내 여러 학제간 학자들에 의해 수행되는 연구를 가속화할 것입니다.”

- Vidyadhar Mudkavi 박사, CSIR-4PI 원장

“COVID-19는 저희 사용자 및 저희 자신의 연구 활동에 상당한 영향을 미치고 있습니다”라고 HLRS 매니징 디렉터 Bastian Koller는 말했습니다. “국립 슈퍼컴퓨팅 센터로서 저희는 저희의 리소스를 독일은 물론 유럽 전체의 연구원들에게 개방하며 COVID-19와의 싸움에서 최전방에 있었습니다. 관대한 AMD Radeon Instinct 기술 기부는 HLRS가 COVID-19과의 싸움에 초점을 둔 시뮬레이션의 가속화를 도울 것입니다. 이러한 추가 리소스를 통해 많은 프로젝트가 상당한 혜택을 받게 될 것으로 예상됩니다. 현재 스페인 엘체에 자리한 Miguel Hernandez University의 연구원들은 핵심 SARS-CoV-2 단백질의 잠재적 억제제를 식별하기 위한 분자 동력학 시뮬레이션을 수행하는 데 저희의 AMD EPYC CPU 기반 HPE Apollo 시스템인 Hawk를 사용하고 있습니다. 오스트리아 빈에 자리한 University of Natural Resources and Life Sciences의 또 다른 연구팀은 바이러스의 스파이크 단백질과 인간의 ACE2 수용체 간 상호작용을 모델링하고 있습니다. 궁극적으로, 이 두 프로젝트 모두 효과적인 약품 합성을 최대한 빠르게 식별하기 위해 노력하고 있습니다. 이러한 노력을 넘어 저희는 질병 확산에 대해 더 나은 이해를 돕고 독일에서의 2차 파동을 피하는 데 도움이 될 전염병 시뮬레이션에 AMD의 기부를 사용할 정부 과학자들과 협력하고 있습니다.”

- Bastian Koller, HLRS 매니징 디렉터

“Leibniz Supercomputing Centre(LRZ)는 최첨단 IT 기술로 여러 많은 분야의 세계적 수준의 연구원들을 지원하는 것에 중점을 두고 있습니다. 관대한 AMD의 기부를 통해, 저희는 개인화된 치료제 영역의 파트너들에게 혁신적인 인공지능 솔루션을 제공할 수 있게 됩니다. 이를 통해 이들은 훨씬 더 나은 방법(예: 향상된 진단 품질 및 속도로 연구함)으로 COVID-19에 대한 즉각적인 연구 필요를 해결할 수 있게 되는 한편, 저희는 개인화된 치료제에 사용할 수 있도록 HPC와 AI를 더욱 통합시키려는 비전을 구현하고 있습니다. 이것은 장기적으로 폐질환으로 고통받는 환자의 치료에 매우 영향력 있는 개선책 마련을 가능케 할 것입니다”라고 Bavarian Academy of Sciences and Humanities의 Leibniz Supercomputing Centre 디렉터인 Dieter Kranzlmüller 교수는 말합니다.

- Dieter Kranzlmüller 교수, Bavarian Academy of Sciences and Humanities의 Leibniz Supercomputing Centre 디렉터

“Oregon State University의 Center for Genome Research and Biocomputing은 수년간 AMD 하드웨어로 작업해 왔습니다. COVID-19 HPC 기금을 통해 제공된 서버는 지식 그래프와 오리건주의 SARS-CoV-2 변종을 모니터링하는 오리건 주의 TRACE 프로그램과 함께 Monarch Initiative의 연구를 지원했습니다.”

-Chris Sullivan, Oregon State University의 Center for Genome Research and Biocomputing 바이오컴퓨팅 담당 부국장

"저희는 AMD의 고성능 서버 기부를 받게 되어 매우 감사히 여기고 있습니다. 세계 여러 지역에서 COVID-19 전염병의 다양한 진화는 시간에 민감하고, 위치 특정적이며, 정책과 관련되는 수많은 문제를 일으키고 있습니다. AMD에 의해 제공되는 것과 같은 계산 능력을 통해 우리 팀은 그러한 질문에 보다 빠르고, 보다 깊이 있게, 보다 많은 곳에서 답하려고 시도할 수 있습니다."

- Jeremy Goldhaber-Fiebert 박사

“대단히 관대한 AMD로부터의 기증은 COVID-19를 포함한 질환의 매핑, 완화 및 발견과 관련된 계산 집중적 요구사항들을 지원하게 될 것입니다. 저희 팀은 또한 텍사스주의 건강 격차 식별 및 해결에도 관련되어 있으며, 관련 계산으로 인해 저희의 가용 컴퓨팅 파워는 포화 상태입니다”라고 Texas State University 보건행정대 부교수 Larry Fulton 박사는 말했습니다. “AMD는 우리의 빅 데이터 문제, 즉 우리의 기존 능력에 많은 부담을 주는 데이터에 대한 해결책 중 하나를 제공하는 것입니다. AMD가 기증으로 지원하는 방법 중 몇몇에는 머신러닝(딥 비전 포함), 지리정보시스템, 복합 최적화(예: 혼합정수비선형) 및 고급 시뮬레이션 모델링이 포함되어 있습니다. AMD에 의해 제공된 계산 능력은 이미 우리가 다음 단계의 COVID-19, 기타 전염병 및 암 분석 계획을 수립할 수 있도록 도왔습니다.”

- Larry Fulton 박사,  Texas State University 보건행정대 부교수

“저희의 팀은 COVID-19은 물론 기타 SARS 관련 코로나바이러스의 활성화 과정을 연구하기 위한 강화된 분자 동력학 시뮬레이션을 수행하기 위해 할당된 리소스를 사용할 것입니다. AMD는 코로나바이러스와 인간 세포 간 최초 상호작용 전에 발생하는 코로나바이러스 스파이크 단백질 활성화를 연구하기 위한 필수 컴퓨팅 리소스를 제공함으로써 기하급수적으로 돕고 있습니다”라고 University of Arkansas 화학생화학과 조교수 Mahmoud Moradi는 말했습니다. “새로운 컴퓨팅 능력 덕분에 저희는 수십만 원자들의 움직임과 상호작용을 수십억 시뮬레이션 프레임으로 시뮬레이션할 수 있습니다. 질병에 대한 이해를 통한 단계 감축적 연구로 저희는 COVID-19에 대한 치료제 및 백신 설계에 대한 대안적 접근으로 나아갈 수 있습니다.”

- Mahmoud Moradi, University of Arkansas 화학생화학과 조교수

“University of British Columbia의 연구원들은 상당한 범위의 COVID-19 대응 프로젝트와 연계되어 있으며, 이들 중 다수에서 고성능 컴퓨팅의 활용이 요구됩니다. 즉각적인 보건 과제가 SARS-CoV-2의 변이를 예측하기 위한 질환 모델링 및 AI-증강 치료적 발견과 같은 활동을 통해 해결되고 있는 동시에, 타 연구원들은 팬데믹의 보다 장기적인 사회 및 경제적 영향을 해결하기 위해 HPC 리소스를 활용하고 있습니다”라고 UBC의 Advanced Research Computing 디렉터 Steve Cundy는 말합니다. “저희는 이러한 AMD로부터의 기부 및 지원을 매우 감사히 여기고 있습니다. 이것은 연구원들에게 HPC 용량으로의 빠른 접근을 가능케 해 기존의 국가 및 연구실 리소스를 보충하게 되어 COVID-19에 대한 글로벌 대응에 중대한 기여를 하게 될 것입니다.”

- Steve Cundy, UBC의 Advanced Research Computing 디렉터

“UCLA는 AMD의 관대한 선물에 감사하고 있으며, 이는 UCLA에서의 연구에 중대한 영향을 미치게 될 것입니다. 저희에겐 전염병학에서부터 분자 연구에 이르기까지 치료제 및 백신 개발을 목표로 COVID-19에 대처하기 위해 다양한 측면에서 노력 중인 많은 연구 그룹이 있습니다. 이러한 연구 다수가 컴퓨팅 필요에 의해 제한적입니다. 이렇게 새로운 파워의 유입은 UCLA와 AMD가 협력해 새로운 컴퓨팅 연구 분야에서 프로세서 기술을 탐구할 수 있는 기회가 될 것입니다” 라고 UCLA-DOE Institute for Genomics and Proteomics 디렉터 겸 생화학 교수 Todd Yeates는 말했습니다.

- Todd Yeates, UCLA-DOE Institute for Genomics and Proteomics 디렉터 겸 생화학 교수

AMD에 의해 제공된 새로운 HPC 시스템은 우리의 면역 체계가 새로운 코로나바이러스에 어떻게 반응하는지를 알려주고 환자가 중증 질환으로 진행하게 될 것으로 예측하는 데 도움이 되는 생체지표를 찾는 데 핵심적 역할을 할 것입니다. 이 정보는 새로운 환자를 효과적으로 관리 및 치료하는 데 중요한 역할을 할 것이며, 또한 COVID-19를 표적으로 할 수 있는 새롭거나 기존의 의약품에 대한 연구를 알려줄 것입니다. Cambridge University는 이렇게 중요한 연구에 대한 AMD의 관대한 지원에 감사를 표합니다.”

- John Marioni 박사, Cancer Research UK Cambridge Institute 및 EMBL의 European Bioinformatics Institute 그룹 리더

“AMD CPU 및 GPU는 저희의 연구원들로 하여금 COVID-19 연구의 범위를 확대시키는 동시에 시의성을 상당히 가속화할 수 있도록 할 것입니다. 여기엔 백신 개발을 돕게 될 치명적인 스파이크 단백질 변형의 식별에서부터 신생아~노인의 모든 연령의 환자에서 COVID 질환의 심각성을 연구하기 위한 머신러닝 기술의 사용에 이르기까지 모든 것이 포함됩니다.”

- UT의 리서치 부의장 Alison R. Preston 대행

“이 새로운 파트너십은 University of Toronto의 COVID-19 연구 가속화 및 커뮤니티에 대한 팬데믹 영향을 완화시킬 혁신 마련에 있어 중요합니다. 최첨단 컴퓨팅 리소스의 기부는 University of Toronto 및 제휴 병원들이 우리의 현 인프라를 확대하고 요법, 백신 및 질환 변이의 발견에 진보를 가져올 개인 건강 정보에 대한 빅 데이터 세트를 안전하게 처리할 수 있는 플랫폼인 SciNet4Health를 개시할 수 있게끔 할 것입니다. 이 기부는 미래의 헬스케어로 한 발짝 더 다가서게 합니다.”

- Alex Mihailidis, 국제 파트너십 담당 부의장

“AMD가 제공하는 컴퓨팅 리소스는 유전자들의 발현 간 원인 관계의 발견을 목표로 하여 진행 중인 gene@home 프로젝트에 투입될 것입니다. 특히, 저희는 Laboratory of Biological Data Mining의 의료 연구원 및 학생들과의 협력 하에 SARS-CoV-2와 상호작용하는 유전자에 대한 특정 연구의 가속화를 계획하고 있습니다. AMD 이니셔티브는 저희에게 매우 시기적절하며 이는 또한 저희가 추가적인 분석 기법을 실현할 수 있도록 지원할 것입니다”라고 University of Trento 정보컴퓨터공학과 교수 Enrico Blanzieri는 언급했습니다.

- Enrico Blanzieri, University of Trento 정보컴퓨터공학과 교수

“COVID-19은 저희 교수진들의 중점 연구 과제에 엄청난 영향을 끼쳤습니다”라고 University of Vermont의 리서치 부의장 Kirk Dombrowski는 말했습니다. “이에 대한 UVM에서의 연구 중 많은 부분에 고성능 컴퓨팅이 요구되기 때문에, 저희는 AMD의 관대한 기증에 매우 감사히 여기고 있습니다. 저희는 광범위한 중요 프로젝트에서 강화된 컴퓨팅 파워를 사용할 것입니다. 이러한 프로젝트로는 SARS-CoV-2 바이러스의 스파이크 단백질 구조 및 습성 분석, 공기 중을 이동하여 질병을 확산시키는 COVID-19 비말의 대규모 유체 역학 시뮬레이션 제작, 단어 사용과 COVID-19 확진 사례 간 상호관계를 찾기 위한 수십억 개 트윗의 실시간 분석 수행, 대학 캠퍼스 내 공기 중 바이러스 전파에서 사회적 거리두기와 PPE 사용 간 상호작용 모델링, 팬데믹 역학에서 접촉 구조, 개입 및 습성 간 상호작용 분석 등이 있습니다. 프로젝트들의 결과는 공중보건 정책에 영향을 미치고 두번째 파동의 방지라는 목표를 위해 활용됩니다.

- Kirk Dombrowski, University of Vermont 리서치 담당 부의장

“AMD 컴퓨팅 파워는 VCU의 연구원들이 COVID-19을 포함한 질환의 새로운 치료제를 찾는 데 있어 AI 및 질량분석법을 통합시켜 큰 도움을 제공할 것입니다”라고 Virginia Commonwealth University 약학대학장 Joseph T. DiPiro는 말했습니다. “저희는 VCU에서의 이러한 혁신적인 연구에 대한 AMD의 관대한 지원을 감사히 여기고 있습니다.”

- Joseph T. DiPiro, Virginia Commonwealth University 약학대학장

“AMD에 의해 제공된 이 신형 서버는 일부 초기 시뮬레이션을 가속화하여 Folding@home에서 프로젝트를 바로 시작하는 데 도움이 될 것입니다. 아마도 더욱 중요한 점은 Folding@home으로부터의 모든 데이터를 적시에 처리할 수 있는 역량을 향상시켜 SARS-CoV-2에 대한 이해를 높이고 COVID-19과 맞서 싸울 기회를 찾을 수 있게 될 것이란 점일 것입니다.”

- Greg Bowman, Washington University 의대 생화학 및 분자생물리학과 부교수 겸 Folding@home 디렉터