Fundo AMD COVID-19 HPC: Avançando na pesquisa global em saúde

"Os recursos computacionais fornecidos pela AMD apoiarão o trabalho de Christopher Langmead e Min Xu, ambos do Departamento de Biologia Computacional da Carnegie Mellon University", disse Russell Schwartz, chefe do Departamento de Biologia Computacional da Carnegie Mellon University. "Langmead modelará o cenário evolutivo das proteínas do coronavírus, o que permitirá a criação de uma possível vacina para proteger contra o vírus SARS-CoV-2, que causa a COVID-19, e também contra outras espécies de coronavírus. Enquanto isso, Xu usará uma técnica de IA que ele desenvolveu para automatizar a análise em grande escala de imagens do SARS-CoV-2 produzidas via Cryo-ET, uma ferramenta de visualização 3D para estudar estruturas subcelulares e o processo de infecção do vírus em células hospedeiras."

- Russell Schwartz, chefe do Departamento de Biologia Computacional, Carnegie Mellon University

"O CSIR recebe com satisfação a decisão da AMD de doar um sistema de supercomputação dedicado à pesquisa do COVID-19 na Índia que será hospedado e gerenciado no CSIR Fourth Paradigm Institute, em Bengaluru. Essa doação aumentará nossa capacidade, como organização líder em P&D no país, para fornecer instalações computacionais de alto desempenho e categoria internacional para a comunidade de pesquisa ”

- Dr. Shekhar Mande, Diretor Geral, CSIR

­ "A unidade centralizada de HPC oferecerá acesso computacional seguro para pesquisadores e acadêmicos que trabalham para enfrentar os desafios relacionados à COVID-19. Isso vai acelerar o trabalho feito por cientistas na Índia em várias áreas, incluindo ciências biológicas para a descoberta de vacinas, ciências químicas para testes de medicamentos e engenharia para fornecer soluções eficazes em pouco tempo. ”

- Dr. Vidyadhar Mudkavi, Chefe, CSIR-4PI

“A COVID-19 tem um impacto substancial nas atividades de pesquisa de nossos usuários e em nós mesmos”, disse Bastian Koller, Diretor Executivo da HLRS. “Como um centro nacional de supercomputação, temos estado na vanguarda da luta contra a COVID-19, abrindo nossos recursos para pesquisadores não apenas na Alemanha, mas em toda a Europa. A generosa doação de tecnologia AMD Radeon Instinct ajudará a HLRS a acelerar as simulações destinadas a combater a COVID-19. Vemos uma série de projetos que se beneficiarão substancialmente desses recursos adicionais. Atualmente, pesquisadores da Universidade Miguel Hernandez em Elche, Espanha, estão usando nosso sistema HPE Apollo com CPU AMD EPYC, Hawk, para executar simulações de dinâmica molecular projetadas para identificar inibidores potenciais de uma proteína fundamental do SARS-CoV-2. Outra equipe de pesquisa da Universidade de Recursos Naturais e Ciências da Vida em Viena, Áustria, está modelando as interações entre a proteína spike do vírus e o receptor ACE2 humano. Em última análise, esses dois projetos estão trabalhando para identificar um composto medicamentoso eficaz o mais rápido possível. Além desses esforços, estamos trabalhando com cientistas do governo que usarão a doação da AMD para simulações epidemiológicas para ajudar a entender melhor a propagação da doença e ajudar a tentar evitar uma segunda onda na Alemanha.

- Bastian Koller, Diretor Executivo da HLRS

“Apoiar pesquisadores de nível mundial em muitos campos diferentes com tecnologia de TI de ponta é o foco principal do Leibniz Supercomputing Center (LRZ). Esta generosa doação da AMD nos coloca em posição de oferecer aos nossos parceiros no domínio da medicina personalizada soluções inovadoras de inteligência artificial. Enquanto isso lhes permite abordar as necessidades imediatas de pesquisa em torno da COVID-19 de maneiras muito melhores - por exemplo, trabalhando para melhorar a qualidade e a velocidade do diagnóstico - estamos implementando nossa visão para integrar ainda mais o HPC e a IA de forma que sejam usados ​​na medicina personalizada. Isso permitirá que nossos parceiros estabeleçam melhorias de alto impacto no tratamento de pacientes que sofrem de doenças pulmonares a longo prazo ”, afirma o Prof. Dr. Dieter Kranzlmüller, Diretor do Centro de Supercomputação Leibniz da Academia Bavária de Ciências e Humanidades.

- Prof. Dr. Dieter Kranzlmüller, Diretor do Centro de Supercomputação Leibniz da Academia Bavária de Ciências e Humanidades

"O Centro de Pesquisa de Genoma e Biocomputação da Oregon State University tem trabalhado com hardware AMD por muitos anos. Os servidores fornecidos por meio do Fundo COVID-19 HPC apoiaram o trabalho da Monarch Initiative com o Knowledge Graphs e o programa TRACE do estado de Oregon que monitora as variantes do SARS-CoV-2 em nosso estado."

-Chris Sullivan, Diretor assistente de Biocomputação no Centro de Pesquisa de Genoma e Biocomputação do Estado de Oregon

“Estamos muito gratos por receber a doação de servidores de alto desempenho da AMD. A evolução diversa das epidemias de COVID-19 em várias partes do mundo levanta inúmeras questões críticas relacionadas ao tempo, localmente específicas e politicamente relevantes. Um poder computacional como o fornecido pela AMD permite que nossa equipe tente responder a essas perguntas de forma mais rápida, mais profunda e em mais lugares. ”

- Dr. Jereremy Goldhaber-Fiebert

"O presente extremamente generoso da AMD apoiará nossos requisitos de computação intensiva associados ao mapeamento, mitigação e detecção de doenças, incluindo a COVID-19. Nossa equipe também está envolvida na identificação e resolução de disparidades de saúde para o estado do Texas, e os cálculos associados saturam nosso poder de computação disponível ", disse o Dr. Larry Fulton, professor associado da Escola de Administração de Saúde da Texas State University. "A AMD está fornecendo uma das soluções para nosso problema de big data - isto é, dados que sobrecarregam nossos recursos existentes. Alguns dos métodos que a AMD está apoiando com seu presente incluem aprendizado de máquina (incluindo visão profunda), sistemas de informações geográficas, otimização complexa (por exemplo, número inteiro misto não linear) e modelagem de simulação avançada. A capacidade computacional fornecida pela AMD já nos ajudou a planejar nossas próximas etapas de análise para a COVID-19, outras doenças infecciosas e câncer. "

- Dr. Larry Fulton,  professor associado da Escola de Administração de Saúde da Texas State University

“Nossa equipe usará os recursos alocados para realizar simulações aprimoradas de dinâmica molecular para estudar o processo de ativação não apenas da COVID-19, mas também de outros coronavírus relacionados à SARS. A AMD está ajudando exponencialmente, fornecendo os recursos computacionais necessários para explorar a ativação da proteína spike do coronavírus, que ocorre antes da primeira interação entre o coronavírus e a célula humana ”, disse Mahmoud Moradi, professor assistente do Departamento de Química e Bioquímica da Universidade de Arkansas. “A nova capacidade de computação nos permite simular os movimentos e interações de centenas de milhares de átomos, por bilhões de quadros de simulação. A pesquisa sobre esta etapa menos compreendida da doença pode nos levar a uma abordagem alternativa para o desenvolvimento de medicamentos e vacinas para COVID-19.”

- Mahmoud Moradi, professor assistente do Departamento de Química e Bioquímica da Universidade de Arkansas

“Pesquisadores da University of British Columbia estão envolvidos em uma gama significativa de projetos em resposta ao COVID-19, muitos dos quais requerem acesso a computação de alto desempenho. Desafios de saúde imediatos estão sendo enfrentados por meio de atividades como modelagem de doenças para prever alterações no SARS-CoV-2 e descoberta terapêutica aumentada por IA, enquanto outros pesquisadores estão acessando recursos de HPC para lidar com os impactos sociais e econômicos de longo prazo da pandemia ”, diz Steve Cundy, diretor da Computação de pesquisa avançada da UBC. “Estamos muito gratos por esta doação e apoio da AMD, pois ela complementará os recursos nacionais e institucionais existentes para ajudar a garantir o acesso rápido à capacidade de HPC para pesquisadores que fazem contribuições importantes para a resposta global à COVID-19.

- Steve Cundy, o diretor de Computação de Pesquisa Avançada da UBC

"A UCLA agradece a generosa doação da AMD, que terá um impacto importante em nossa pesquisa na UCLA. Temos inúmeros grupos de pesquisa trabalhando em diversos aspectos do problema da Covid-19, desde a epidemiologia até estudos moleculares voltados para o desenvolvimento de terapêuticas e vacinas. Muitos desses estudos são limitados pelas necessidades de computação. Este novo influxo de potência será uma oportunidade para a UCLA e a AMD trabalharem juntas na exploração de suas tecnologias de processador em novas áreas de pesquisa computacional ", disse Todd Yeates, professor de bioquímica e diretor do Instituto UCLA-DOE de Genômica e Proteômica

- Todd Yeates, professor de bioquímica e diretor do Instituto UCLA-DOE de Genômica e Proteômica

“O novo sistema HPC fornecido pela AMD terá um papel fundamental no nosso aprendizado de como nosso sistema imunológico responde ao novo coronavírus e na descoberta de biomarcadores que ajudem a prever quais pacientes desenvolverão doenças graves. Esta informação seria fundamental para o manejo e tratamento eficaz de novos pacientes e também ajudará na pesquisa de medicamentos novos ou existentes que podem ter como alvo a COVID-19. A Universidade de Cambridge agradece à AMD por seu generoso apoio a essa importante pesquisa. ”

- Dr. John Marioni, Líder de grupo do Instituto de Pesquisa do Câncer da UK Cambridge e do Instituto Europeu de Bioinformática do EMBL.

“As CPUs e GPUs da AMD permitirão que nossos pesquisadores expandam o escopo de seu trabalho sobre a COVID-19, ao mesmo tempo em que os ajuda a acelerar significativamente seu cronograma. Isso inclui tudo, desde a identificação de mutações de proteínas de pico viral que podem ajudar a melhorar vacinas até o uso de tecnologia de aprendizado de máquina para estudar Gravidade da doença COVID em pacientes de todas as idades, desde recém-nascidos até idosos. ”

- Vice-presidente interino de pesquisa da UT, Alison R. Preston

"Esta nova parceria é crítica para ajudar a Universidade de Toronto a acelerar a pesquisa sobre COVID-19 e desenvolver inovações que irão mitigar o impacto da pandemia nas comunidades. A doação de recursos de computação de ponta permitirá que a Universidade de Toronto e nossos hospitais afiliados expandam nossa infraestrutura atual e lancem SciNet4Health, uma plataforma que pode processar com segurança grandes conjuntos de dados de informações privadas de saúde para avançar na descoberta de terapias, vacinas e mutações de doenças . Esta doação nos coloca um passo mais perto dos cuidados de saúde do futuro. ”

- Alex Mihailidis, Vice-presidente associado de parcerias internacionais

“Os recursos computacionais que a AMD está fornecendo serão inseridos em nosso projeto em andamento gene@home, que visa a descobrir as relações causais entre a expressão dos genes. Em particular, planejamos acelerar investigações específicas sobre genes que interagem com o SARS-CoV-2 em colaboração com pesquisadores médicos e estudantes do Laboratório de Mineração de Dados Biológicos. A iniciativa da AMD é muito oportuna para nós, e esperamos que também nos impulsione na viabilização de outros métodos de análise ", comentou Enrico Blanzieri, professor do Departamento de Engenharia da Informação e Ciência da Computação da Universidade de Trento.

- Enrico Blanzieri, professor, Departamento de Engenharia da Informação e Ciência da Computação, Universidade de Trento

"A COVID-19 teve um impacto tremendo no foco de pesquisa de nosso corpo docente", disse Kirk Dombrowski, vice-presidente de pesquisa da Universidade de Vermont. “Uma vez que muito desse trabalho na UVM requer computação de alto desempenho, somos muito gratos à AMD por sua generosa oferta. Usaremos o poder de computação aumentado em uma ampla gama de projetos importantes. Esses projetos incluem a análise da estrutura e do comportamento da proteína spike no vírus SARS-CoV-2; criação de simulações de dinâmica de fluidos em grande escala das gotículas de COVID-19 à medida que viajam pelo ar e espalham a doença; realizar análises em tempo real de bilhões de Tweets para encontrar correlações entre o uso de palavras e casos da COVID-19 confirmados; modelagem da interação entre o comportamento de distanciamento social e o uso de EPI para conter a transmissão do vírus em campi universitários; e analisar a interação entre a estrutura de contato, intervenções e comportamento na dinâmica da pandemia. Os resultados desses projetos têm implicações nas políticas de saúde pública e atendem ao objetivo mais amplo de ajudar a prevenir uma segunda onda.

- Kirk Dombrowski, vice-presidente de pesquisa da Universidade de Vermont

"O poder de computação da AMD será extremamente útil, já que os pesquisadores da VCU reúnem IA e espectrometria de massa para buscar novos tratamentos para doenças, incluindo a COVID-19", disse Joseph T. DiPiro, reitor da Escola de Farmácia da Virginia Commonwealth University. "Estamos gratos pelo generoso paoio da AMD nessa pequisa pioneira da VCU."

- Joseph T. DiPiro, reitor da Escola de Farmácia da Virginia Commonwealth University

"Os novos servidores fornecidos pela AMD nos ajudarão a acelerar algumas das simulações iniciais que fazemos para dar início a projetos no Folding@home. Talvez o mais importante é que eles vão melhorar nossa capacidade de processar todos os dados vindos do Folding@home em tempo hábil, aumentando nossa compreensão do SARS-CoV-2 e revelando oportunidades para combater a COVID-19."

- Greg Bowman, professor associado de bioquímica e biofísica molecular da Washington University School of Medicine e diretor do Folding@home